Izvođenje poslova na sjedištu SRCE

Izvor: CRO NGI

Uvod

CRO NGI sjedište Srce raspolaže s mrežnom tehnologijom Infiniband koja omogućava učinkovito izvođenje paralelnih aplikacija. Zbog toga je na sjedištu omogućeno isključivo izvođenje paralelnih poslova.

Na sjedištu su raspoložive standardne korisničke aplikacije. Paralelne aplikacije su instalirane korištenjem paralelne MPI okoline koja koristi Infiniband (npr. ABINIT). Podrazumijevana MPI okolina je MVAPICH koja za komunikaciju između procesa koristi Infiniband.

Prevođenje MPI aplikacija

Za potrebe prevođenja MPI aplikacija, na UI čvoru ui-64.cro-ngi.hr instalirana je okolina MVAPICH. Okolina MVAPICH je instalirana u direktoriju /usr/lib64/mvapich/1.1.0-intel/. Za rad s MVAPICH-em potrebno je pomoću alata switcher postaviti odgovarajuću okolinu:

switcher mpi = mvapich-intel

Nakon postavljanja obavezno se otspojiti i ponovno spojiti na UI čvor kako bi se odgovarajuće varijable okoline ispravno postavile.

Condor-G Matchmaking

Prilikom podnošenja poslova pomoću sustava Condor-G moguće je koristiti atribut ParallelOnly kako bi se dao veći prioritet sjedištu SRCE.

U slučaju serijskih poslova nužno je postaviti uvjet za izbjegavanje sjedišta SRCE. Na taj način serijski poslovi se neće raspoređivati na sjedište i beskorisno stajati u redu poslova na sjedištu.

Detaljne informacije nalaze se u uputama.